El zoo del Bronx tiene su origen en el movimiento conservacionista de finales del siglo XIX. En 1895, se creó la Sociedad Zoológica de Nueva York, ahora conocida como Sociedad para la Conservación de la Vida Salvaje (WCS), para promover la investigación zoológica, la educación pública y la conservación de la vida salvaje.
El zoo se inauguró oficialmente en 1899, con 843 animales repartidos en 22 exposiciones. Con el apoyo del presidente Theodore Roosevelt, el zoo crió bisontes y los reintrodujo con éxito en zonas protegidas del oeste de Estados Unidos.