O Zoológico do Bronx teve origem no movimento de conservação do final do século XIX. Em 1895, a New York Zoological Society, hoje conhecida como Wildlife Conservation Society (WCS), foi criada para promover a pesquisa zoológica, a educação pública e a preservação da vida selvagem.
O zoológico foi inaugurado oficialmente em 1899, apresentando 843 animais em 22 exposições. Com o apoio do presidente Theodore Roosevelt, o zoológico criou bisões e os reintroduziu com sucesso em áreas protegidas no oeste dos Estados Unidos.