De Bronx Zoo is ontstaan uit de natuurbeschermingsbeweging aan het eind van de 19e eeuw. In 1895 werd de New York Zoological Society, nu bekend als de Wildlife Conservation Society (WCS), opgericht om zoölogisch onderzoek, openbaar onderwijs en het behoud van wilde dieren te bevorderen.
De dierentuin werd officieel geopend in 1899 en toont 843 dieren verdeeld over 22 tentoonstellingen. Met steun van president Theodore Roosevelt fokte de dierentuin bizons en introduceerde ze met succes opnieuw in beschermde gebieden in het westen van de Verenigde Staten.