Lo zoo del Bronx è nato dal movimento di conservazione della fine del XIX secolo. Nel 1895 fu fondata la New York Zoological Society, oggi conosciuta come Wildlife Conservation Society (WCS), per promuovere la ricerca zoologica, l'educazione pubblica e la conservazione della fauna selvatica.
Lo zoo è stato aperto ufficialmente nel 1899 e presenta 843 animali in 22 esposizioni. Con il sostegno del presidente Theodore Roosevelt, lo zoo allevò i bisonti e li reintrodusse con successo nelle aree protette degli Stati Uniti occidentali.