La collezione permanente di manufatti del Museo dell'11 settembre, ancora in crescita, commemora e ricorda gli eroi che hanno combattuto, sono sopravvissuti e hanno perso la vita durante gli attacchi al World Trade Center del 2001 e del 1993. Si tratta di un archivio ineguagliabile e commovente di oggetti personali, prove materiali, testimonianze e manufatti storici che raccontano le tragiche storie di questi eventi epocali. I tipi di cimeli variano molto, dagli stivali dei sopravvissuti alle carte commemorative e di preghiera, alle carte di identificazione del WTC e molto altro ancora.
Alcuni dei manufatti più importanti includono la borsa di Patricia Fagan (scoperta un anno e mezzo dopo), un'impiegata della torre sud del World Trade Center morta negli attacchi; una lettera rossa caduta da un aereo dirottato l'11 settembre, raccolta per strada da un uomo d'affari in fuga e spedita alla sua giusta destinazione (ora fa parte della collezione); un rastrello a mano usato dagli operai che cercavano resti umani a Ground Zero; e una collezione di oggetti raccolti durante una veglia post-11 settembre, tra cui una bandiera con la scritta "sopravviveremo", un orsacchiotto e un modellino delle torri gemelle.
