Le zoo du Bronx est parti du mouvement de conservation de la fin du 19e siècle. En 1895, la New York Zoological Society, aujourd'hui connue sous le nom de Wildlife Conservation Society (WCS), a été créée pour promouvoir la recherche zoologique, l'éducation du public et la préservation de la faune et de la flore.
Le zoo a officiellement ouvert ses portes en 1899 et présente 843 animaux répartis dans 22 expositions. Avec le soutien du président Theodore Roosevelt, le zoo a élevé des bisons et les a réintroduits avec succès dans des zones protégées de l'ouest des États-Unis.